甲氨蝶呤只能由有抗代谢药物化疗经验的医生使用，如果是非肿瘤的情况则必须 由专科医生使用。因为有致命或严重的毒性反应的可能，医生必须充分告知患者 存在的风险，并且应该在其监督下用药。应由适当的设施来处理可能发生的并发症。在大剂量使用或药物排泄减弱（肾功能损害，胸腔积液，腹水）的情况下，必须严密监测药物毒性反应。曾有过关于使用甲氨蝶呤治疗恶性肿瘤和银屑病后 导致死亡的报道。