骨髓抑制及心脏毒性是最重要的不良反应（见注意事项）。脱发是常见不良反应，不过治疗停止后可恢复正常。口腔炎如果不是由于肿瘤本身所表现的，会在注射药物5-10天后出现，其特点是溃烂区域的疼痛，特别是在舌两侧有舌下粘膜区域。可出现消化道症状如恶心、呕吐、腹泻，如果注射柔红霉素发生药物外渗会导致严重的坏死。有报导，选用小静脉注射或一条静脉重复多次注射，可造成静脉硬化症（见给药途径）。