平阳霉素的不良反应主要有发热、胃肠道反应（恶心、呕吐、食欲不振等）、皮肤反应（色素沉着、角化增厚、皮炎、皮疹等）、脱发，肢端麻病和口腔炎症等，肺部症状（肺炎样病变或肺纤维化）出现率低于博莱霉素。