甲巯咪唑禁用于已知对硫脲类衍生物过敏的患者；血细胞计数有改变（粒细胞减少）的患者；治疗开始前已有胆汁郁积的患者；在使用卡比马唑或甲巯咪唑治疗后发生骨髓损伤的患者。甲巯咪唑片只能在某些情况下用于早期的，不严重的过敏反应（如过敏性皮疹、发痒），但需要给予特别的警告。